1937 року папа римський Пій XI у своїх посланнях засудив нацизм і комунізм. Українська греко-католицька церква прийняла позицію Святого престолу, але незабаром постала перед дилемою «двох стільців».
1939 року Західну Україну, яку заселяли переважно греко-католики, анексував Радянський Союз. Вже через два роки вермахт відбиває її у Червоній армії. Україну ділять між дистриктом Галичина і райхскомісаріатом Україна з центром у Рівному.
Голова УГКЦ митрополит Андрій Шептицький (мирське ім’я — граф Роман Марія Александер Шептицький) дипломатично уникає конфліктів з будь-якою владою, але все ж пише Сталіну про перегини в атеїстичній пропаганді, а голові ЦК КП(б)У Хрущову — про дуже високі податки на селян. Його брата, польського поміщика Леона Шептицького, розстрілюють разом з дружиною.
Після приходу німців митрополит разом з багатьма галичанами сподівається на поліпшення становища церкви і навіть на можливе надання незалежності Україні. Шептицький радить духівництву проявляти лояльність до німців, сам приймає в резиденції офіцерів і нацистських керівників. Він знову пише — тепер вже Гітлеру.
19 вересня 1941 року німці взяли Київ. Через чотири дні зі Львова до берлінської райхсканцелярії приходить лист Андрея Шептицького:
«Ваше превосходительство, як голова української греко-католицької церкви я передаю вашому превосходительству мої сердечні вітання з приводу оволодіння столицею України, золотоверхим містом на Дніпрі — Києвом. Український народ бачить у цьому звільнення столиці від більшовицького ярма — передвістя свого звільнення з рабства».
Закінчується лист обіцянкою молитися за перемогу німців. До цього часу його брата Олександра Шептицького вже розстріляло гестапо.
У листі Гітлеру від 14 січня 1942 року Шептицький дозволяє собі обережну критику. Українські батальйони військової розвідки «Нахтіґаль» і «Роланд» були переформовані в охоронну поліцію і вже не воювали проти Червоної армії, в Києві почалися репресії проти членів ОУН (м), колгоспи не були розпущені. Але найбільше митрополита турбувало можливе приєднання Галичини до Польщі, а Одеської області — до Румунії:
«Відсторонення українців від участі в збройній боротьбі проти їхнього вічного ворога, пліч-о-пліч з німецькими та їхніми союзними військами, позбавило антибільшовицький табір серйозного морального політичного фактора.
Приєднання західної української землі Галичини до Генерального Губернаторства (Польщі) та передача Одеси разом із областю під управління Румунії, позбавлення українського народу найменших надій на те, що ці землі пізніше будуть возз’єднані з материком, усе це викликало гнітюче враження.
Ми запевняємо вас, ваше превосходительство, що керівні кола на Україніпрагнуть до найтіснішої співпраці з Німеччиною, щоб з’єднаними силами німецького і українського народів завершити боротьбу проти спільного ворога і встановити новий порядок на Україні й в усій східній Європі».
Лист підписаний також Андрієм Левицьким — головою уряду УНР у вигнанні, Андрієм Мельником — головою ОУН (м), Миколою Величковським — головою Української національної ради, Іваном Омеляновичем-Павленком — генералом УНР, командиром батальйону німецької допоміжної поліції.
Митрополит публічно виступав проти будь-якого кровопролиття, намагався примирити ворогуючі течії ОУН, а також допомагав переховувати євреїв у греко-католицьких храмах і монастирях. Через співпрацю Андрія Шептицького з нацистами Ізраїль не міг надати йому звання Праведника народів світу, але 1996 року Праведником було визнано його брата Климентія.
Андрій Шептицький помер 1944 року, встигнувши висловити в листі «Йосипу Віссаріоновичу Сталіну, Вождю і Великому Маршалу непереможної Червоної Армії» щиру подяку за «приєднання західноукраїнських земель до Великої України». Архімандрита Климентія Шептицького було засуджено на 25 років, він помер 1951 року у Володимирському централі.