Обставини його смерті досі не з’ясовані. У 1924 році він повернувся до Києва і був заарештований чекістами, однак через деякий час його відпустили. Через декілька днів тіло Міхновського знайшли повішеним у саду його друга Володимира Шемета. Про це пише
Рідна країна.
Існує версія, що смерть Міхновського — справа рук радянського карального органу — ДПУ: після вбивства Міхновського, інсценізованого під самогубство, була підкинута «прощальна» записка, начебто написана рукою самого Миколи Міхновського, згідно свідчення Ждана Шемета — сина Володимира Шемета, у якого проживав свої останні дні Міхновський та який у 1998 році засвідчив, що його батько знайшов у кишені покійного записку з таким текстом:
«Волію вмерти власною смертю! І сюди круть, і туди верть, однаково в черепочку смерть, як каже приказка. Перекажіть моє вітання тим, хто мене пам’ятає. Ваш Микола»…
Микола Міхновьский увесь час «йшов проти течії» – відстоював ідеї, які не підтримувала більшість. Його критикували, висміювали та вважали скандалістом. Проте саме Микола Міхновський поклав початок ідеї самостійності України, пише 1576.com.ua.
Микола Міхновський був одним із найвідоміших і популярних у Харкові адвокатів. Через деякий час після переїзду до Харкова у 1898 році Міхновський був запрошений захисником у «процесі Алчевського» – справа співробітників мільйонера Алчевського, який після банкрутства фірми покінчив життя самогубством. Цей процес молодий адвокат блискуче виграв.
Проте мало хто знав, що ще за 6 років до того Міхновський став учасником таємної студентської організації «Братство тарасівців».
Він став відомим, коли виголосив свою промову перед учасниками Шевченкового свята у Полтаві і заявив, що українці повинні піднятись на збройну боротьбу. В кінці виступу Міхновський вигукнув гасло: «Ми хочемо єдиної, нероздільної, самостійної України від гір Карпатських аж по Кубань-річку». Учасники свята були шоковані.
Свої ідеї Міхновський викладає в брошурі «Самостійна Україна», яку видають у Львові накладом 1000 примірників. Згодом він створює Українську народну партію– єдину партію, яка підтримала ідею самостійності.
Лозунгом партії стало інше гасло Міхновського – «Україна для українців».
Гасла, які проголосив Микола Міхновський, для початку XX століття були не просто новими й сміливими – вони були, за свідченням сучасників, «чимось фантастичним». Вперше була проголошена ідея повної незалежності України.
Міхновський намагався поширювати цю ідею. Він пише статті, намагається видавати. Потім переходить до більш радикальних дій – створює бойові загони та організовуває теракти проти російської влади. Проте це не мало успіху. Наступні роки Міхновський присвячує пропаганді національних ідей серед промислових сіл Слобожанщини й Донецького басейну.
За ним закріпилась слава скандаліста. Його не сприймала більшість українських політиків. Він багатьох просто лякав своєю екстремальністю. Євген Чикаленкозгадував, як письменник Володимир Короленко – українець, який писав російською, – при зустрічі з Миколою Міхновським простягнув йому руку для привітання. Той заклав руки за спину та відповів, що зрадникам руку не подає. З того часу Короленко довго оминав діячів українського руху, боячись зустріти чергового «Міхновського». Чикаленко зауважив, що таким чином він відлякує від національного руху багатьох українських інтелігентів. Це, звісно, була не найкраща позиція.
Його неможливо назвати «людиною свого часу». Він належав до тієї нечисленної категорії політичних діячів, які діяли проти «загальної течії». Такі люди, як правило, рідко бувають вправними політиками. Їм важко враховувати життєві реалії, традиції, інерцію мислення людей. Їм важко йти на компроміси, «наступати на горло» власній пісні, без чого реальна політика неможлива.
Революція 1917 року дала шанс реалізації ідеї Міхновського. Перш за все, він виступав за створення української армії, яка змогла стати фундаментом нової держави. За його пропозицією починають створювати перші українські військові підрозділи. Проте лідери Центральної Ради вважали, що армія не потрібна країні.
Міхновський навіть спробував організувати військовий переворот у липні 1917 року. В результаті його відправили на фронт. Через декілька місяців він повертається та стає одним з керівників Української демократично-хліборобської партії. Партія підтримала прихід до влади гетьмана Скоропадського.
Той хотів запропонувати Міхновському посаду прем’єр-міністра, але згодом вирішив призначити своїм радником. Міхновський відмовився. Проте не підтримав і Директорію.
Виснажений хворобами, Міхновський їде до Полтави. Ще більше його виснажували невдачі Української держави та протиріччя серед еліти.
Певний час він переховувався на Кубані. У 1924 році повернувся до Києва. Його заарештували чекісти, однак через дякий час відпустили. Через декілька днів тіло Міхновського знайшли повішеним у саду його друга Володимира Шемета. Обставини і досі не з’ясовані.